U Odseku za hronične plućne bolesti se sprovodi dijagnostika i lečenje dece obolele od hroničnih plućnih bolesti, uključujući i retke bolesti pluća. Nakon postavljanja dijagnoze cistične fibroze neonatalnim skriningom, lečenje se nastavlja u Odseku za hornične plućne bolesti, dnevnoj bolnici i ambulantno, primenjuje se inovativna terapija modulatorima CFTR. Od strane Ministarstva zdravlja Institut je imenovan za Centar za lečenje obolelih od cistične fibroze.

Vrši se dijagnostika i lečenje dece sa rekurentnim ili perzistentnim vizingom, bronhiektazijama, primarnom cilijarnom diskinezijom, dece sa neuromišićnim i drugim retkim bolestima. Nakon neonatalnog uzrasta leče se deca obolela od hronične plućne bolesti prematuriteta, urodjenih plućnih anomalija. Sprovodi se dijagnostika i primena terapije hronične respiratorne insuficijencije, priprema, obuka i praćenje dece za primenu oksigenoterapije ili neinvazivne ventilacije u kućnim uslovima, kontrolisanje dece sa traheostomom.

Na odeljenju ima 15 kreveta. Godišnje se u Odseku hospitalizuje 500 dece.

Lekari koji rade u odseku učestvuju i u radu ambulante za pulmologiju, Kabineta za cističnu fibrozu, Kabineta za ispitivanje funkcije pluća i bronhoskopiju, učestvuju u radu prijemne ambulante Klinike za pedijatriju i u dežurstvima.