У Одсеку за хроничне плућне болести се спроводи дијагностика и лечење деце оболеле од хроничних плућних болести, укључујући и ретке болести плућа. Након постављања дијагнозе цистичне фиброзе неонаталним скринингом, лечење се наставља у Одсеку за хорничне плућне болести, дневној болници и амбулантно, примењује се иновативна терапија модулаторима ЦФТР. Од стране Министарства здравља Институт је именован за Центар за лечење оболелих од цистичне фиброзе.

Врши се дијагностика и лечење деце са рекурентним или перзистентним визингом, бронхиектазијама, примарном цилијарном дискинезијом, деце са неуромишићним и другим ретким болестима. Након неонаталног узраста лече се деца оболела од хроничне плућне болести прематуритета, уродјених плућних аномалија. Спроводи се дијагностика и примена терапије хроничне респираторне инсуфицијенције, припрема, обука и праћење деце за примену оксигенотерапије или неинвазивне вентилације у кућним условима, контролисање деце са трахеостомом.

На одељењу има 15 кревета. Годишње се у Одсеку хоспитализује 500 деце.

Лекари који раде у одсеку учествују и у раду амбуланте за пулмологију, Кабинета за цистичну фиброзу, Кабинета за испитивање функције плућа и бронхоскопију, учествују у раду пријемне амбуланте Клинике за педијатрију и у дежурствима.